Die Ansammlung von Bakterien stellt eine Grundvoraussetzung für die Entstehung der Parodontitis dar. Hierbei ist es bedeutsam, welche Art von Bakterien vorhanden sind. Die Mundhöhle ist ein Tummelplatz für Keime, die allermeisten von ihnen sind harmlos oder sogar hilfreich für eine gesunde Mundhöhle. Unter ihnen können aber auch ein paar als schädigend identifizierte Bakterienstämme, sogenannte Markerkeime der Parodontits, vorhanden sein. Einerseits ist die Menge dieser pathogenen Keime von Bedeutung, ob und mit welcher Stärke ein Angriff auf unser Zahnbett erfolgt. Die aggressiven Stämme müssen sich aber auch mit anderen Bakterien zu einem Komplex organisieren, der ihnen ein sicheres Wachstum ermöglicht und sie von den Abwehrreaktionen des Körpers schützt (und sogar vor Desinfektionslösungen und Antibiotika): der bakterielle Biofilm.