Chlorhexidin-Digluconat (CHX) und seine  desinfizierende Wirkung wurde 1954 in England durch die Firma I.C.I. (Imperial Chemical Industries) entdeckt. CHX ist gegen die meisten Bakterienarten in der Mundhöhle gut wirksam und hat den Vorteil, dass es für eine gewisse Zeit an Schleimhäuten und Zahnflächen anhaftet. Allerdings wird seine Wirksamkeit durch die Anwsenheit von Proteinen (in Blut und Speichel) herabgesetzt. Es ist allgemein gut verträglich, selbst in höherer Dosis ist keine Gesundheitsgefährdung zu erwarten (niedrige Toxizität).

Es ist in verschiedenen Konzentrationen (0,03 – 2%) und verschiedene Hersteller (Chlorhexamed®, Hexoral®) erhältlich, wobei die Wirksamkeit bei höherer Konzentration wesentlich besser ist, die Nebenwirkungen s.u. aber dementsprechend auch stärker in Erscheinung treten. Chlorhexidin gehört zu den am besten untersuchten Substanzen zur Desinfektion der Mundhöhle. Zahlreiche Studien belegen seine Wirksamkeit bei Abtötung von pathogenen Bakterien in Biofilmen bei Zahnfleischentzündungen, Parodontitis oder Karies.